ん？
checkboxにチェックを入れる → $("***").attr("checked",true);
checkboxにチェックを外す → $("***").attr("checked",false);
じゃねぇの？
やってみたら、一度チェックを入れるとチェックが入らない・・・
どうやら jQuery 1.6 のあたりからporp()というメソッドが実装されたそうで、attr()ではなくporp()を使う方がよいとのこと。
使い方やそもそもどういうメソッドなのかは↓やらを参考のこと。
jQueryにおけるattrとpropの違いと使いドコロまとめ
http://qiita.com/kbyay_/items/7a7ce9547f29b34a63b1
checkboxにチェックを入れる → $("***").prop("checked",true);
checkboxにチェックを外す → $("***").prop("checked",false);
ってするほうがいいようで。